Rename dldp/dldp/heatmap_pred/process_main.sh to dldp/dldp/heatmap_pred/HPC_SC20/process_main.sh

process_main.sh

@@ -0,0 +1,43 @@
+#$ -cwd
+#$ -A  weizhe.li
+#$ -l h_rt=001:00:00
+#$ -S /bin/sh
+#$ -j y
+#$ -o sysout_main
+#$ -N process_main
+
+echo "Running job $JOB_ID on $HOSTNAME"
+
+QSUB=/opt/sge_root/bin/lx-amd64/qsub
+ARRAY_SCRIPT=process_array.sh
+
+# Get params
+# source ./config.txt 
+CNFG_FILE=$1
+source $CNFG_FILE
+
+BASE_RUN=/scratch/mikem/UserSupport/weizhe.li/runs_process_cn_V2_"$COLOR_NORM"
+mkdir -p $BASE_RUN
+BASE_DIR=$BASE_RUN/"$TYPE"_wnorm_"$PATCH_SIZE"_"$SPLIT_SIZE"_"$JOB_ID"
+
+{ read; # skip the first (title) line
+    while read LINE; do
+        echo "$LINE"
+        ST=$(echo $LINE | awk -F' ' '{printf $1}' )
+        EN=$(echo $LINE | awk -F' ' '{printf $2}' )
+        SUBDIR=$(echo $LINE | awk -F' ' '{printf $3}' )
+        HDF5_FILE="$SUBDIR"".h5"
+        IMG_DIR="$BASE_DIR"/"$SUBDIR"
+        SYSOUT_DIR="$IMG_DIR"/sysout
+        mkdir -p $SYSOUT_DIR 
+        HEATMAP_DIR="$IMG_DIR"/preds
+        mkdir -p $HEATMAP_DIR 
+        
+        # LOG_DIR=/home/weizhe.li/log_files
+        LOG_DIR="$IMG_DIR"/log_files
+        mkdir -p $LOG_DIR 
+        
+        echo "$QSUB -pe thread -t "$ST"-"$EN" -o $SYSOUT_DIR $ARRAY_SCRIPT $SPLIT_BASE_DIR $HDF5_FILE"
+        $QSUB -t "$ST"-"$EN" -o $SYSOUT_DIR -N "$SUBDIR"_"$TYPE" $ARRAY_SCRIPT $SPLIT_BASE_DIR $HDF5_FILE $HEATMAP_DIR $LOG_DIR $CNFG_FILE
+    done
+} < $LOOKUP_FILE